تم تعيين معالي الشيخ محمد بن عيسى آل خليفة مستشاراَ للشؤون السياسية والاقتصادية لديوان سمو ولي العهد عام 2012. شغل معاليه قبل ذلك منصب الرئيس التنفيذي لمجلس التنمية الاقتصادية في البحرين بين عامي 2005 و2012 حيث كان مسؤولاً عن ضمان استمرار وتحفيز نمو الاقتصاد البحريني. 

يساهم معاليه بصورة كبيرة في مجال التنمية الاقتصادية على مستوى المنطقة، ولا سيما من خلال المنتدى الاقتصادي العالمي إلى جانب المنتديات الإقليمية. وقد شغل منصب رئيس مجلس إدارة صندوق العمل البحريني "تمكين"، وهو حاليًا عضو مجلس إدارة في برنامج ولي العهد الدولي للمنح الدراسية، ومجلس التنمية الاقتصادية البحرين، ومجموعة ماكلارين. 

يحمل الشيخ محمد درجة البكالوريوس في الاقتصاد من الجامعة الأمريكية في واشنطن ودبلوم الدراسات العليا في إدارة الأعمال من كلية لندن للاقتصاد.